该片讲述了忍者神龟四兄弟远离人类世界多年之后他们的新朋友艾波欧尼尔协助他们试图扳倒一个神秘的犯罪集团，但是当对方派出一支变种军团，他们很快就发现自己有些不自量力的故事。