少年学医。年轻时，曾任侯官县小吏，不久归隐，在其家村后山中，一面练功，一面行医。晚年到庐山下隐居，继续行医。
董奉医术高明，治病不取钱物，只要重病愈者在山中栽杏5株，轻病愈者栽杏1株。数年之后，有杏万株，郁然成林。夏天杏子熟时，董奉便在树下建一草仓储杏。需要杏子的人，可用谷子自行交换。再将所得之谷赈济贫民，供给行旅。后世称颂医家“杏林春暖”之语，盖源于此。
由于医术高明，人们把董奉同当时谯郡的华佗、南阳的张仲景并称为“建安三神医”。