该片讲述主人公尼奥发现自己所在的世界被人工智能系统矩阵控制，这导致人们失去了自由和思想，为了解决这一现状，他与神秘女郎崔妮蒂以及黑客组织首领墨菲斯联手并共同抗争矩阵的故事。

该片主要讲述了尼奥中弹复活后变成了无所不能的“救世主”，他将带领锡安基地的人民，打响对机器世界的反击战。

该片承接第二集的故事，一场为寻找自由的的漫长惊世战争正式展开。锡安的人们面临母体机械大军的入侵，人类也赌上所有武力，发动最大攻势，将整场战役由地面延伸到母体的天空，此外，救世主尼奥与宿敌计算机特工史密斯也将展开一场绝命殊死战。