该片讲述主人公尼奥发现自己所在的世界被人工智能系统矩阵控制，这导致人们失去了自由和思想，为了解决这一现状，他与神秘女郎崔妮蒂以及黑客组织首领墨菲斯联手并共同抗争矩阵的故事。