《超人总动员2》故事紧接着第一部，讲述了超能先生成为了专职奶爸，弹力女超人来拯救世界，一家人开始面对着生活重心的转变，这时一个新的反派出现，超人一家一边兼顾生活，一边联合酷冰侠阻止一个危险阴谋的故事。